Anne Kneer war nach ihrem Studium in Genf und Bern als Gerichtsschreiberin am Bundesverwaltungsgericht (Abteilung IV Asylrecht) tätig. Anschliessend arbeitete sie als wissenschaftliche Mitarbeiterin an der Universität St. Gallen am Lehrstuhl für Öffentliches Recht, wo sie schliesslich auch zum Asylverfahrensrecht doktorierte. Ab dem Jahr 2020 leitete Anne Kneer den Rechtsdienst im Migrationsamt des Kantons St. Gallen, bevor sie im Mai 2024 die Leitung der Hauptabteilung Arbeitsbedingungen beim Amt für Wirtschaft und Arbeit des Kantons St. Gallen übernahm.